お世話になります。

今まで小さな商売で現金取引のみで毎日入ってきた現金を売り上げとして、入金伝票から入力していました。今年に入って、発注を受けてから、納品後3ヶ月後に入金という取引が発生し、しばらくは現金取引と同じように入金日に入金伝票から入力をしていました。しかしその取引のなかで、相手の都合で支払われない事が発生しました。請求書は出しているのですが、お金がないなどの理由で、延び延びになって支払われるのか、わからない状態です。

これは、どのように入力したらよいのかお教えください。

よろしくお願いします。

この場合は売掛の処理をすることになるかと思います。
売掛管理の詳細につきましては、下記ページをご覧下さい。
http://www.ijsselkaikei.com/weblog/archives/2005/10/post_13.html

支払がない場合は、その取引先の売掛金がずっと残ることになります。
そして、回収の見込みがなくあきらめたところで損金の扱いにすることができます。
利益の多い年に損金に計上すると節税になりますね。