税務署の講習会で青色申告は発生主義との注意を受けました。私は毎月月末で作業を締め、請求後翌月１０日、源泉１０％引きの支払いです（名目、謝礼）。
この場合月末に売り掛けで入金伝票を作成し、１０日にまた入金伝票の入力となるのでしょうか。

10日は入金伝票の入力ではなく、売掛金もしくは銀行口座の入力になります。
入力科目は「売掛金」ではなく、取引先名を資産で作成します。
月末は入金伝票で売上を入力しますが、源泉があるので、下記ページの「源泉徴収がある場合の入力」を参考にして下さい。
http://www.ijsselkaikei.com/notime/uriage.html
入金時は、預金通帳（資産元帳）で、口座の入金を取引先名で入力します。