お客様からは銀行振込みで入金がありますが、純粋な商品代金と送料が合算されています。商品代金は売り上げ、送料は預かり金として入力しましたがいいのでしょうか。また、送料の預かり金は配送業者へ支払った時はどのメニューからどのような入力をしたらよいのでしょうか。よろしくお願いします。

ご質問の内容から、配送業者への支払は経費とせず、また売掛管理はしないということでお答えします。
入力科目で「送料預り金」を負債で、「売上入金」を収入で作成します。
入金時は「預金通帳（現金出納帳）を入力する」で、資産科目＝「（入金口座）」、科目＝「売上入金」で入金額を入力し、[収入明細]で収入の内訳（「売上」と「送料預り金」）を入力します。
配送業者への支払は、「預金通帳（現金出納帳）を入力する」で、資産科目＝「現金」（振込なら銀行口座）、科目＝「送料預り金」で出金額を入力します。