お世話になります。
１つの取引先に対して売掛金と買掛金がある場合は
どのようにしたらよろしいでしょうか？

売掛と買掛を相殺する会計処理をされる場合は、取引先名の入力科目を一つだけ作成し、決算の時に、売掛か買掛かプラスになる方へ集計します。
相殺せずにそれぞれ決済する場合は、売掛用、買掛用それぞれの入力科目を作成し、別の取引先として処理して下さい。

相殺はしておりませんので、例えば、わかりやすく
取引先Ａ（売掛）
取引先Ａ（買掛）
のように入力科目を作成しても大丈夫でしょうか？

はい、それで大丈夫です。

わかりました。
いつもありがとうございます。