次期繰越をし、2010年分を入力しようとしたのですが、2009年の分が消え、2010年分ができました。毎回消えていくのでしょうか？
それと、事業主借・事業主貸が上積みされていってしまい、とんでもない金額になりますが、こういうものなのでしょうか？

> 次期繰越をし、2010年分を入力しようとしたのですが、2009年の分が消え、2010年分ができました。毎回消えていくのでしょうか？

次期繰越データファイルは、データを消すのではなく、設定をコピーして新しいデータファイルを作成します。
2009年のデータファイルは残っていますので、参照したい場合は接続し直して下さい。

> それと、事業主借・事業主貸が上積みされていってしまい、とんでもない金額になりますが、こういうものなのでしょうか？

次期繰越データファイルでは、入力科目について残高を繰り越します。
下記ページを参考に「事業主借」「事業主貸」の繰越残高は削除して下さい。
http://www.ijsselkaikei.com/notime/past.html

接続とありますが、パソコン内の全てのファイルを検索しましたが、どうやって接続すれば良いのでしょう？　どこにも見当たりません。

2009年のデータファイルの場所がわからないという意味でしょうか？
「IJssel会計」を起動した時に、接続中のデータファイルのパス（場所）が表示されます。
次期繰越データファイルを作成した時に、特にパスの指定をしていなければ、同じフォルダの中にあると思います。
データファイルのパスは、メニューバーの[データファイル]−[接続中のデータファイルのプロパティ]でも確認できます。

接続の方法のことでしたら、メニューバーの[データファイル]−[接続]で、データファイルを選択して接続して下さい。